تمّ إنشاء معهد الأراضي والمياه والبيئة في بداية عام 1999 من أجل تفعيل دور الجامعة الهاشمية في مجالات تدريس علوم الجيولوجيا، والأراضي، والمياه والبيئة، وإجراء البحوث العلمية لتنمية المصادر الطبيعية، ومراقبة التلوث، وحماية البيئة، وبناء برنامج أكاديمي على مستوى الدراسات العليا (الماجستير والدكتوراه) لحماية البيئة، وإدارة الأراضي، ولإعداد متخصصين في مجالات التخطيط والتعليم، وإدارة الموارد الطبيعية وتنميتها للعمل في المؤسسات وفي مراكز البحوث والدراسات البيئية.
في عام 2003 تمّ تحويل اسم المعهد إلى كلية الموارد الطبيعية والبيئة، وذلك بعد أخذ الأمور التالية في الاعتبار:
1. إنّ مسمى معهد الأراضي والمياه والبيئة، هو اسم محدد، وضع لمعهد متخصص في المجالات المبينة في المسمى، وكان من بين أهدافه الرئيسية بناء برنامج أكاديمي للدراسات العليا (الماجستير والدكتوراه)، إلا أنّ واقع الحال للمعهد أصبح يخرج طلبة بكالوريوس في التخصصات المختلفة؛ مما جعله لا يختلف عن الرسالة التي تؤديها الكلية.
2. ومن المبررات الأخرى لتغير المسمى، هو أنّ تسمية كلية الموارد الطبيعية والبيئة تسمية شاملة تحتضن الأقسام العلمية الثلاث، وذات مفهوم شامل ومرن في إمكانية إضافة أقسام علمية أخرى تحت هذه المظلة، وتضم في مفهومها الموارد الزراعية والمائية، والنفطية والمعدنية، والتنوع الحيوي والبادية، وغيرها من الموارد إضافة إلى علاقاتها مع البيئة.
بلغ عدد الطلبة في الكلية لغاية الفصل الدراسي الأول من العام الجامعي 2010/2011 (662) طالبًا موزعين على ثلاثة أقسام علمية، هي: قسم علوم الأرض والبيئة، وقسم إدارة الأراضي والبيئة، وقسم إدارة المياه والبيئة إضافة إلى 24 طالبًا للدراسات العليا في قسم علوم الأرض والبيئة، وبلغ عدد أعضاء الهيئة التدريسية في الكلية (19) عضوًا بالإضافة إلى (3) مساعدي بحث و تدريس و(3) فني مختبر.
إنّ ضرورة وجود مؤسسة علمية شاملة، تضمّ في مفهومها جميع الموارد الطبيعية كالزراعية والمائية، والنفطية والمعدنية، والبادية والتنوع الحيوي، وغيرها إضافة إلى علاقاتها مع البيئة تطلّب وجود كلية الموارد الطبيعية والبيئية، وتحتوي برنامجًا دراسيًا متكاملًا يركز على استخدام التقنيات الحديثة، بما في ذلك نظم المعلومات الجغرافية، والاستشعار عن بعد، وشبكة المعلوماتية كوسائل هامة للتقويم والمتابعة، والتخطيط المستدام لتنمية الموارد الطبيعية، والمحافظة على البيئة يكون رافدًا مهمًا لمتطلبات السوق المحلية والعربية، خاصة أنّ الاهتمام بدأ يتزايد بالحفاظ على الموارد الطبيعية، والتعامل مع المشاكل البيئية في المنطقة.