تمّ إنشاء وحدة الرقابة الداخلية في الجامعة الهاشمية بهدف التدقيق والرقابة المالية، والإدارية والفنية على إجراءات الجامعة، ومطابقتها للمنظومة التشريعية، وعلى أموال الجامعة وموجوداتها، حسب المعايير الدولية وفق القوانين والأنظمة والتعليمات المعمول بها، وتهدف الرقابة الداخلية إلى تزويد رئاسة مجلس الأمناء بالتقاريراللازمة والمتعلقة بما يجري فعليًا في الواقع، مما تمّ إنجازه من الأهداف المحددة للخطط والسياسات لغايات إحكام الرقابة والتقييم والمساءلة، إذ تعتبر الرقابة الداخلية خط الدفاع الأول بشأن ضبط مختلف جوانب العملية المالية والإدارية والفنية.